Pierwsza udokumentowana informacja na temat Bystrej pochodzi z 1308 roku. W roku 1310 wieś przeszła w ręce Zakonu Krzyżackiego. Jej ówczesna nazwa to Bistra. Jednak w dokumentacji z XIV wieku pojawia się już nazwa Scharfenberg. W roku 1399 we wsi funkcjonowała karczma. W 1546 roku wieś zostaje całkowicie zniszczona przez ulewy i powodzie, po czym zostaje zasiedlona przez mennonickich osadników i w 1548 roku otrzymuje własny 25-punktowy wilkierz. W ciągu wieków wieś podzieliła się na: Gross Scharfenberg i Klein Scharfenberg, czyli miejscowości Bystra Wielka (położona przy drodze Gdańsk – Koszwały) i Bystra Mała (znajdująca się między Wiśliną a Lędowem). W roku 1920 wieś znalazła się w granicach Wolnego Miasta Gdańska i podlegała administracyjnie obwodowi w Wocławach. Od 1 kwietnia 1936 roku podlegała obwodowi Wiślinie. W wyniku wybuchu II wojny światowej została włączona do Rzeszy Niemieckiej.

Informacje przedstawione powyżej pochodzą ze strony internetowej Urzędu Gminy Pruszcz Gdański. Informacje te napisano na podstawie książki "Gminne Strony. Zarys Dziejów Gminy Pruszcz Gdański do 1939 roku", której autorem jest Dariusz Dolatowski.